Деятельность Фондовой биржи Кыргызстана – БТС подлежит регулированию со стороны уполномоченного государственного регулятора финансового рынка Кыргызской Республики – Службы Регулирования и надзора за финансовым рынком при Министерстве экономики и коммерции Кыргызской Республики (Госфиннадзор).